O acervo conta com cerca de 5.500 amostras de madeira, sendo cerca de 1.000 referenciadas por exsicatas de herbários, distribuídas em diversas instituições (MBM, INPA, UNAM, SPF, SP, JBRJ). A maior relevância da coleção é como xiloteca realmente representativa de áreas de cerrado do Brasil, com cerca de 1.500 amostras do Triângulo Mineiro, Mato Grosso e norte do Paraná, mas também possui cerca de 1.000 amostras da Amazônia. Há também coleções importantes para a Nicarágua, Mata Atlântica de São Paulo e os campos rupestres, que é o ponto forte do herbário SPF. Também são bem representados os taxa já estudados pela equipe, como Myrtaceae, Euphorbiaceae Leguminosae, Simaroubaceae, Rutaceae, Palmae. Uma das maiores coleções, com cerca de 600 amostras é coleção de referência para trabalhos arqueológicos da Missão Arqueológica Franco-Brasileira, que atua em convênio firmado entre o Museu de Arqueologia e Etnologia da USP e o Muséum Nacional d'Histoire Naturelle de Paris. Outra coleção destacada é a de dendrocronologia, contando com centenas de baquetas de amostragens não destrutivas obtidas com trados de incremento e motorizados e uma coleção de discos inteiros, obtidos de árvores caídas na mata ou de extrações comerciais. Associada à xiloteca, há uma coleção de mais de 5.000 lâminas histológicas, que são produtos e documentos dos trabalhos científicos produzidos nos últimos anos pelas equipes e pode-se dizer que são uma preciosidade, dada a elevada qualidade de nossas lâminas, reconhecida internacionalmente. A xiloteca SPFw apresenta intercâmbio com as xilotecas da Universidade Federal do Paraná (PRFLw), com o Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBw), USP Piracicaba (ESALQw), com o Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo (BCTw), que apresenta a maior coleção do Brasil e com duplicatas em algumas das maiores coleções mundo como a do US Forest Service, em Madison (Mw), CIRAD Fôret, de Montpelier (França), e Hamburgo (Alemanha). A xiloteca SPF fornece madeiras para pesquisadores e estudantes do Brasil e do exterior, sendo depósito das madeiras do programa de pós-graduação em Botânica do Departamento de Botânica. Além disso presta serviços de identificação de madeiras para a comunidade em geral, atividades educacionais, sempre em atividades não comerciais e de pesquisa, sobretudo de material arqueológico.

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