Ictiologia faz parte da pesquisa da Academia desde o seu início, mas ganhou importância em 1898 quando adquiriu o acervo pessoal do naturalista Edward Drinker Cope e quando Henry Weed Flowler se tornou seu primeiro curador em tempo integral. A coleção continuou crescendo em tamanho, escopo e importância e o departamento é hoje considerado um dos 5 principais centros de ictiologia da América do Norte. Atualmente abriga 1,2 milhões de exemplares catalogados com um número estimado de 11.000 espécies e 2.797 tipos primários. A coleção é taxonomicamente diversa, mas é especialmente forte em enguias, characiforms e bagres. O seu âmbito geográfico é mundial, mas seus pontos fortes incluem espécies de água doce da América do Norte e América do Sul e espécies marinhas das Bahamas, Atlântico e oceano Índico.

Com relação ao seu acervo do Brasil, são aproximadamente 60.000 especimes (7733 lotes) a maioria de peixes de água doce, incluíndo coleções de importância histórica
(p.e., 1881-1882 Expedição de Herbert Huntingdon Smith) e expedições financiadas pela US National Science Foundation (p.e., 1993-1996 Projeto Calhamazon e 2012-2014 Projeto iXingu, NSF DEB-1257813).

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