A coleção científica de répteis está representada por mais de 18 mil (465 espécies), numerados individualmente e mantidos em vidros ou bombonas plásticas com álcool 70º GL. Constitui-se num acervo bastante regionalizado, com 64% do material procedente do Rio Grande do Sul; neste contexto, seguem-se os estados de Goiás com 10,0%, Santa Catarina, com 7,8%, Paraná com 5,0%, e demais estados do Brasil e outros países, com 13,2%. Entre os grupos representados na coleção de répteis, predominam as serpentes (73,8 %), seguidas pelos lagartos (20,6%), anfisbenas (4,9%), tartarugas (0,6%) e jacarés (0,1%). Entre as serpentes, predominam representantes da família Dipsadidae (61,6%), e Viperidae (22,0%), seguidos por Colubridae (7,1%), Elapidae (7,0%) e demais famílias (2,3%).

A coleção possui oito holótipos, dois lectótipos, 15 parátipos e três paratopótipos.

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