No século XIX, foram implantados os herbários no Brasil: Herbário do Museu Nacional/ R (1808); Herbário do Jardim Botânico do Rio de Janeiro/ RB (1890); Herbário da Escola de Farmácia de Ouro Preto/ OUPR (1891); Herbário Museu Paraense E. Goeldi/ MG; (1895); Herbário D. Bento Pickel/ SPSF (1896) e Herbário da Escola de Minas/ EM (1900). O Herbário Professor José Badini foi fundado em 1986, no Instituto de Ciências Exatas e Biológicas (ICEB), da Universidade Federal de Ouro Preto, onde foram incorporados os acervos dos Herbários da Escola de Farmácia, Herbário da Escola de Minas e Herbário Magalhães Gomes, mantendo o acrônimo OUPR.
Dentre as coleções históricas importantes deste Herbário figuram as de Schwacke, Leonidas Damazio, Álvaro da Silveira, C. T. de Magalhães Gomes e seus irmãos, Ducke, Costa Sena, Alfredo T. Baeta Neves, Mello Barreto, Campos Porto, Loefgren, Jacinto Bruno de Godoy e Moacyr do Amaral Lisboa. O seu acervo atualmente é de aproximadamente 35.000 exsicatas, tanto da flora brasileira, como de espécies exóticas. Possui diversas espécies tipus descritas, principalmente, pelos botânicos Álvaro da Silveira, Leonidas Damázio, Schwacke, Moacyr do Amaral Lisboa e José Badini. Este patrimônio, que data de mais de um século, é sempre solicitado para consultas por diversas instituições e pesquisadores, do Brasil e do exterior, no desenvolvimento de pesquisas em taxonomia, florística, farmacologia, ecologia e outras ciências afins. Dentre as coleções atuais de maior importância em número de espécimes coletados merece destaque a do Prof. José Badini, que amostrou principalmente Ouro Preto e região. O acervo do Herbário Professor José Badini contempla principalmente a flora do Quadrilátero Ferrífero, principalmente de campos rupestres quartzíticos e ferruginosos (cangas), além de florestas (matas semideciduais e ciliares).
O Herbário “Professor José Badini” é cadastrado junto à Rede Brasileira de Herbário e Index Herbariorum, o que contribui para a divulgação de seu acervo junto à comunidade científica, além de ser reconhecido como Fiel Depositário do Patrimônio Genético junto ao Ministério do Meio Ambiente (Deliberação no 61, D.O.U. 08/7/2004, seção 1, página 104).

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