O acervo possui cerca de 250 mil registros, dos quais 23 mil são algas, uma das maiores coleções da América Latina. Constam ainda no acervo cerca de 1000 materiais-tipo, 325 fotografias, 420 materiais em meio líquido, 460 registros em carpoteca e 8 mil registros em xiloteca. Como coleções relevantes, há a Flora dos Campos Rupestres (MG, BA, GO, TO), a Flora do Pico das Almas, a Flora da Serra do Cipó, a Flora de Grão Mogol, a Flora de Catolés, a Flora de São Paulo, as coleções de W. Hoehne e de A.B. Joly.

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Subcoleções

• SPF-Algae - Herbário da Universidade de São Paulo - Coleção de Algas
• SPF-Plantas - Herbário da Universidade de São Paulo
• SPFw - Xiloteca do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo

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